洪秀全下达诏书后，东殿反抗寥寥，大多放下武器，放弃抵抗。只有东殿礼部一尚书、扶天侯傅学贤不甘引颈就戮，继续率领东殿残部，与韦昌辉展开巷战。

巷战竞日，傅学贤寡不敌众，兵败被杀。傅学贤一死，东王府残存的属吏、参护府刀牌手只得投降。韦昌辉大开杀戒，将已经投降的东殿残余全部诛杀。

杨秀清有亲族二十七人、东王娘娘五十四员。包括东王府中已有身孕的侍女，东王府大小属吏三千余名、参护府两千余名刀牌手，全部死于韦昌辉屠刀之下。

韦昌辉还不解恨。杨秀清柄权已久，天京卫戍部队大多是东殿部队，东王亲信遍布天京内外大小关隘。

杨秀清暴卒，局势陷入混乱，这些人群龙无首，未能组织起有效的反抗。万一让他们缓过神来，推举出个领袖出来，韦昌辉、秦日纲等人可就危险了。

这时候，天京城内外已有流言，说韦昌辉并非奉有洪秀全的密诏，而是矫诏擅自诛杨。又说洪秀全下诏诛贬杨秀清为“东孽”，也是出于韦昌辉的胁迫。

韦昌辉恼羞成怒，晋见洪秀全，要求诛杀杨秀清余党，以绝后患。

事情的发展已经大大超出洪秀全的预料，他原本只想杀杨秀清兄弟四人。可韦昌辉却说，不仅要杀尽天京城内外的东殿党羽，还要诛杀前线的东殿大将，如杨辅清等。

要杀前线大将，岂不是自毁长城？洪秀全不答应，韦昌辉却目露凶光，赖在天王府不走。洪秀全十分不快，他隐隐感觉到：韦昌辉就是另一个杨秀清，他才能不如杨，凶狠恶毒却远过之。

最后，陈承瑢出来和稀泥，劝说洪秀全诛杀天京卫戍部队中的东殿党羽，前线东殿大将暂不波及。陈承瑢足智多谋，献了一条毒计：

洪秀全公开颁布诏书，就说韦昌辉、秦日纲矫诏诛杨，滥杀无辜。天王下令对这两个乱臣贼子鞭刑五百，请东殿党羽前来观刑。

按，太平天国刑罚残酷，犯人绝对撑不过五百鞭刑。

洪秀全勉强同意，转身就下令亲信蒙得恩加强天王府防务，从此紧闭天王府。他自己躲在幕后，让韦昌辉等人在前面上蹿下跳。

在太平天国，承宣天王诏旨程序极为繁琐，需用女官宣诏、诏书专用黄绸、印玺、文书专用格式等，极难伪造。陈承瑢一向负责承宣天王诏旨，对其非常熟悉，东王党羽对此并无怀疑。

刑场就设在天王府旁两间大房子里，六千多名东殿将士前来观刑。他们不名就里，在门外被守卫解除了武器。韦昌辉、秦日纲两人被铁链捆住，被绑在行刑台上。

然而，等东殿将士来得差不多了，一队荷枪实弹的亲兵拥上行刑台，护卫韦昌辉、秦日纲从后门离开。

紧接着，各门紧闭，从墙外扔进无数炸弹。东殿将士完全想不到，堂堂天王竟会做出如此卑劣的行径。他们猝不及防，手无寸铁，只能扒房墙砖头抵抗。

这是一场惨绝人寰的屠杀。屠杀者使用枪、炮猛轰东殿将士，后来，他们干脆赤裸右臂，冲入了房内，把剩下的抵抗者统统杀死。

屠杀足足持续了六个小时。

紧接着，韦昌辉要求斩草除根，搜杀老弱妇孺。

傅善祥母子是东王余孽，也是韦昌辉重点捕杀对象。当北殿兵马扑入傅善祥寄身的女营时，傅善祥母子早已不见了踪影。