历史上，天京事变造成的最恶劣的影响并非信仰迷失，而是地方拥军自重，隐然独立。

尤其是太平天国后期，中央与地方矛盾重重，各个派系之间的矛盾已到了难以调和的地步。

例如，1860年，太平军二破清军江南、江北两大营。忠王李秀成取得苏南、浙江膏腴之地。英王陈玉成在苏南没有地盘，专门来到苏州谈判，要求李秀成分割苏南之地。

为此，洪秀全的族弟、军师洪仁玕亲自来到苏南，调解二人矛盾。调整到最后，陈玉成在苏南却只取得丹阳一城。

1861年，驻军苏州的陈坤书与驻守石门的陈炳文为争地盘在嘉兴城下火并。

1862年，归王邓光明与保王童容海在杭州内讧。

1865年，天京已经陷落一年。侍王李世贤兵败，投奔福建镇平的康王汪海洋。汪海洋因李侍贤威望大，害怕他会威胁自己的地位，将李世贤及其心腹暗杀。

1866年，汪海洋在广东嘉应州与湘军作战。李侍贤的余部在背后开冷枪，刺杀汪海洋。

与历史上一样，天京事变后，太平天国各地隐约出现了拥兵自立的苗头。吴捷入主天京后，立即开始不遗余力地打击各地的独立分子。

最先冒头的是东殿尚书段立刚。他曾在天京事变前被杨秀清派往安徽桐城，也算是杨秀清的心腹。此人并不服从吴捷指挥，在桐城聚众集盟，自号“代天都招讨大将军”，隐然自立。

真没想到，第一个闹独立的，竟是东殿自己人。

吴捷勃然大怒，绕过天王府，直接通令各地太平军，要他们严守本分，不得抱非分之想，不得背叛天京，妄称独立。

通令中讲道，经过天京之变，东殿元气大伤。在吴捷的率领下，东殿诸将团结一心，共同效忠杨秀清的遗孤—幼东王傅尧。

段立刚身为东殿重臣，受到杨秀清格外垂青，却背叛东殿，擅称“代天都招讨大将军”，实属大逆不道。

诛杀段立刚，既是东殿的私事，也是天国的公事。为平定段立刚叛乱，东殿将发大军前往镇压，非拿到段立刚的狗头不可。

吴捷在通令中明白指出，北殿、燕殿在天京事变中罪行累累，屠杀东王府两万人、翼殿两百余口家眷。幼天王、幼东王慈悲为怀，并不株连北殿、燕殿余党。

北殿、燕殿但凡有敢于反叛、独立者，格杀勿论！

此时的北殿兵马多集中在湖北武昌一带，由韦昌辉的弟弟韦俊率领，正在艰难抵抗曾国藩的湘军。

曾国藩已经荣膺江西巡抚。但他并不敢进攻江西，而是会同湖北巡抚胡林翼，指挥湘军主力猛攻武昌。

武昌一下，湘军将沿江东下，逼近江西。吴捷不敢怠慢，令第二师师长倪云鹏率军增援武昌，帮韦俊守住武昌。

燕殿兵马多集中在句容、溧水一带，正在和清军江南大营的张国梁厮杀。

吴捷在通令中唯独落下了石达开的翼殿。石达开虽在争夺天京的过程中落败，却依然在太平军中享有较高的威望。尤其是，他的家眷都在天京事变中被屠，为他博得时人的同情。

翼殿的兵马基本都集中在皖北，主要分布在安庆府、六安府、庐州府三地。除了翼殿本部兵马外，还有赖裕新、彭大顺等新近归附石达开的人。

段立刚在桐城自立，却并未依附石达开，而是招兵买马，隐然要另立旗帜。