而后龟山天皇，此时也在京师。当初日本南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己当初的诺言。即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，不断地进行着努力。

足利义满在时他们还在暗中进行，但是现在足利义满病重，足利义持年轻，而日本又遭到即将被灭国的危险，南朝的皇室后裔和臣子们也在不断的准备着将幕府推翻的打算。只是时间没有到而已。

有大明水师的协助，征日陆军推进的很快，日本瞬间陷入了崩溃的边缘，大军一直往北攻去，不出旬月。就行军至距离京都百余里的地点。由于后方战线拉的过长，而逃到各处的日本武士又颇为难缠。经常出其不意的从树林或者是山坳中跳出偷袭，杀了人立即有遁入山中林中。

为此不得不驻扎下来，清扫残余的日本武士，才能使日本北方获得片刻的喘息之机，但是京都已经是一片慌乱，天皇和幕府终究不敢再留在京都，已经商议前往奈良，坐船赶往位于神奈川县镰仓暂时避祸。一时间，京都内人心惶惶，很多武士为幕府的这一举止感到耻辱。

足利义满怎么也想不到，他一直和大明保持善意，就不同意同大明为敌，还不惜以囚犯充当倭寇送到大明表示诚意，大明的皇帝从那里来的恨意呢。现在只能逃到镰仓足利满兼的地盘上寻求庇佑，这个时候，足利义持才感觉到事情的不妙，一面号召各路诸侯勤王保护天皇，一面开始遣使往朝鲜，希望能寻求援兵。

日本天皇和足利幕府决定往镰仓方向暂避的决定，的确做的时机不是很好，严重打击了日本的军队的士气，可是这个决定做的也是十分艰难。第一，各守护国现在依然为着自己打算，虽然派出了部分兵力，但是绝对精锐还是留在了自己的地盘。

还有一条，今川了俊在足利义满病危的情况下，坚决的从镰仓赶来，要求天皇往镰仓暂避，有没有私心先不说，其中有一条，就是想用距离拉长明军的战线，意图各个击破。这一条得到了大家的一致认同，所以也顾不得名誉问题了。

他们认为，日本人民还是会拥护天皇的存在，只有最大限度的拉长战线，才能寻找机会，那时候民众都会被调动起来。届时在给明军致命一击，只要失败一次，大明征战在外的势头就会减弱，再来侵略日本就很难了。

他们是这样想的，就这样做了，使大明不费吹灰之力进入了京都。控制了附近地区后，想皇上以及参谋部请示下一步的行动。

而南京，在建文九年初。也出现了一件十分意外的事情。二月二十日朝会，皇帝在朝堂之上宣召了张宇初、周玄朴等十二名道教名宿，重新钦定了降圣节的合法化，降圣节是唐武宗将道教太上玄元皇帝老子李耳的降诞日。也就是二月二十五定为降圣节，全国休假一天；在钟山设道场，修筑望仙台待秋后大祭。

这一信号，给天下臣民指明了一条道路，那就是皇上要尊道抑佛了。

降圣节之后。皇帝谕旨，裁并天下佛寺。天下各地上州留寺一所，若是寺院破落不堪，便一律废毁；下州寺院全部拆废，不许重建。

人口过五十万的城市允许保留十寺，每寺留僧三十人。天下各地拆废寺院和铜像、钟磬，所得金、银、铜一律交付官库，铁则交付本州铸为农器。还俗僧侣各自放归本籍充作百姓。不许入道教修行。如非大明僧人，送还本处收管。

禁止私自出家；订立严苛的出家条件，并规定必须在京师的戒坛受戒，否则无效；不许创建寺院或兰若，违反的僧尼，课以严刑；未受敕额的寺院。一律废毁；民间的佛像、铜器，限五十日内交由官库。如果私藏五斤以上的，即构成刑事。

朱允炆借助战事的爆发。迅速的抑制佛教以及其他教派的扩展，奉道教为国教，同时由于《道藏》在蒙元时，除了《道德经》之外，基本道教经典都被焚毁。又命令张宇初、张宇清、周玄朴为首的正一教、全真教等道教宗派开始编修《道藏》。以为依据。

这个举动，遭到了一些佛教信徒的抵制，作为朝廷礼部所管辖的僧录司，受到了来自于全国各方面的压力，特别是以先皇就曾经出家为由，对于皇上的这次决定感到不满，不过也的确无法指责，朱元璋曾经在皇觉寺出家的事情天下皆知，自己登基却要抑制佛教，基本有些说不过去。

于是，大明首次的佛道争辩实施就势在必行，对于此，朱允炆有些担心，因为蒙元时期的抑制道教，忽必烈曾经诏谕天下：焚毁除《道德经》外所有的《道藏》伪经。诏令下达第三天，《道藏》所谓的伪经全部集中到悯忠寺，在朝廷官员和佛教四众弟子的监督下全部焚毁。

所剩下的道家典藏本来就已经不多了，总不能让张宇初等人靠着《道德经》去和佛教辩论吧。

朱允炆这才发觉自己忽视了佛教千余年来积累的底蕴，已经渐渐的在民间甚至官府有了一定的影响力，再加上蒙元时期的可以宣传，暗藏在里面的力量不可小看。

但是佛道之争辩势在必行，自己作为皇帝，也不能太过于表面上偏袒，于是下令张宇初首先搜寻《老子化胡经》的下落，首次争辩就从其的真伪上展开，另外，抛出门户派别之见，集合道教所有力量全力编撰道藏。主张吸收全真的教戒，提倡艰苦俭朴之风，以达到振宗兴教的目的。认为修道之士应以戒行为先，远离尘俗，草衣木食，以真功苦行磨励身心，宫观要加强管理，住持以精严戒行而服为，不得结交权贵、干预公事、私蓄俗眷。

道藏按照张宇初的建议，以三洞、四辅、十二类的分类进行编撰，采用《千字文》为函目。三洞即洞真、洞玄、洞神三部，系承袭陆修静《三洞经书目录》题名。

四辅即太清、太平、太玄、正一的总称，是对三洞的解说和补充。据《道教义枢》及《云笈七签》的记载，太玄为洞真经之辅；太平为洞玄经之辅；太清为洞神经之辅；正一部通贯三洞和三太（即太清、太玄、太平），遍陈三乘，为以上六部之补充。

三洞之下各分十二类,总为三十六类经,亦称三十六部。即本文类：经教的原本真文；神符类：龙章凤篆之文，灵迹符书之字；玉诀类：对道经的注解和疏义；灵图类：对本文的图解或以图像为主的著作；谱录类：记录高真上圣的应化事迹和功德名位的道书；戒律类:戒规、科律的经书及功过格；威仪类:斋法、醮仪及道教科仪制度的著作；方法类：论述修真养性和设坛祭炼等各种方法之书；众术类：外丹炉火、五行变化和一切术数等方术书；记传类：众仙传记、碑铭及山渎道观的志书；赞颂类：歌颂赞倡的著作，如步虚词、赞颂灵章、诸真宝诰等；章表类：建斋设醮时上呈天帝的章奏、青词等。

务求在三年之内编纂完成，届时无论是日本战事，还是帖木儿、朱棣等北方事务都基本会有个结果，民众的注意力自然会回到这些琐碎小事上来，对于佛道之争的结局也肯定会更加关注了。

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