想明白了事情的前前后后，搞清楚了当前的形势，赵昺下旨命留守琼州的兵部侍郎江钲为湖广路讨贼总部署，枢密院统领司韩振为帅，统领第六、七、八、九四个师跨海北上，集兵于一路直捣荆州，占领这个战略要地，完成战略合围。于此同时着令护军二旅助怀勇及平海两军攻取明州府，占据庆元路，免除绍兴的东翼的威胁。
马廷鸾接管绍兴府后也立刻开始着手整顿，当前首要任务便是铲除蒙元残余势力细，毕竟皇帝驻跸于此，若是出了差错，他是万死莫赎。在护军一旅的配合下，随即展开了清洗，已有广州、泉州的先例所循，首先对一众旧官员进行甄别和调换，与蒙元有关的商旅巨贾进行抓捕。
绍兴临近杭州本就是商业繁荣之地，贪财的蒙古人当然不会这块肥肉，他们纷纷在利用自己特殊的身份在在此设置商号，侵占良田，因此暴富。在此聚集的蒙古人和色目人不下万千，可没想到一夜之间变了天，能够逃走的十中无一，且人能跑，多年的积攒却带不走，皆被查封没官。
令赵昺没想到的是别看马廷鸾平日温文尔雅，但杀起人来同样毫不手软，甚至比自己有过之而不及。凡是蒙古及色目官员，上至断事官，下至驻于乡里的‘弹压’的小吏皆被处死，家财没收，家眷入官；而对于当年叛降的大宋官员也不客气，管你是因为未免百姓被屠戮而献城的，还是遵照太后‘诏令’开城迎贼的，全部拿下；对于资敌的商贾士绅同样也不留情，尽数一网打尽。
马廷鸾杀红了眼，赵昺都有些看不下去了。对于杀蒙古人和其狗腿子色目人，他没有什么意见，这些人是元王朝的受益者，也是最为坚定的支持者，在当前敌强我弱的形势下即便投降也是虚以为蛇，等待哪天变天呢！一旦自己稍有失利，便会重新跳出来助敌，杀了倒也干脆，免留后患。
当年叛降及主动助敌的原宋朝官员，赵昺也没有一丝怜悯皆以谋叛之罪处死，未成年子弟及女眷充官为奴；而对于被动降敌，属于从犯者只追究其一人之罪，家眷得免；在王师到来能主动献城者，前罪得免，视其所为再加以任用，这其中当然也有借此逃罪的。这与当年打泉州毕竟不同，那会儿是搂一杆子边走，现在是要赖着不走了，因而不问详情一律皆杀以后便无人投降了，对以后的作战不利，权衡之下还是留他们条命。
至于现任的伪官，赵昺以为还是视其官声、民意，查实后依律处置，该杀的杀，该关的关，不可一杀了之；而对于乡间的士绅豪强，也是要区分对待，罪大恶极助纣为虐者坚决镇压，收其财产。能维护乡梓利益，急公好义者，尤其是反元助宋者要加以褒奖，维护其权益，毕竟维护地方还要靠这些人。
还有就是那些商贾了，官商和蒙古人、色目人的生意全盘由官府接收；巨富大商，赵昺以为这些人若非勾结官府，串通蒙古人肯定是难以致富的，因而对其要严厉打击，深挖其罪，当然也是为了解决军费和开支；而那些中、小商人及手工业者则不必追究，毕竟物资流通还离不开这些人，将来税收也要靠他们予以保障。
有惩就得有抚，对于当年殉国的官员和将士家属要予以褒奖和补偿，优先分配田地，减免税赋，有功名者优先补录入仕；百姓是统治的基础，也是劳动力和兵员及税赋的重要来源，要保证有资产者的权益，对于‘无产阶级’则要先行赈济，然后理清情况，合理分配田地，使耕者有其田，居者有其屋。但是赵昺知道这些工作异常繁琐，绝非数日之功可完成，且当前的形势也不允许，可姿态是必须要做的。
税赋是国之根本，赵昺对此十分慎重，毕竟复国之战刚刚开始，战争要持续数年，甚至十数年之多，什么时候能结束谁也说不清楚。而战争的不仅是人力的付出，还需有巨大的财政支持，只靠没收敌资、战场缴获是无法满足的。因此他不能，也不敢擅自减免税赋，自然不能完全恢复旧制，只能暂时削减些不合理的苛捐杂税安抚民心，待时局哨稳后与众臣商议后重新厘定。
赵昺这时也发现自己对于复国之战的政策储备太少了，难以应对新情况和新形势，一切尚需完善，而绍兴作为比较具有代表性的城市，他决定将这里作为试验田进行开发和完善。因而根据情况连续颁布了多道诏令，并对实施的情况进行跟踪和总结，以便能形成一套完整的政策，使以后可以有章可循。
眼下还有一个堪待解决的问题，那就是现在已至深秋，这江南不比琼州四季不分，一套单衣可以糊弄一年。而这里冬季还是十分寒冷的，一套单衣是无法过冬的，所以当前必须要准备冬装，且这个数目不小，按照一人一身也至少需要二十万套。
赵昺与马廷鸾和徐宗仁及陈仲微商议后，他们也认为事不宜迟。而此时大军征战在外，琼州那里距离太远，一来一往冬天都过去了，其它几个根据地财力有限难以完成如此浩大的任务。只有绍兴算是个安稳之处，且此地自古便是养蚕的传统地域，每年丝绸产量巨大，也是重要的赋税来源。
攻占绍兴后，府库中积存了大量的丝绸，又抄没了不少，眼下也到了蚕茧的收获季节，制造棉衣的材料是不缺。不过都作院尚在琼州，这回成了有东西缺人手了，好在绍兴比琼州经济要发达很多，加工业也强了不知道多少倍。辎重市场化赵昺在琼州已经有了先例，当下便采用分包的形式交给当地的大小作坊，最后还是用钱解决了问题。
而这件事也给赵昺提了个醒儿，如今大军在外作战，每天消耗的火药都是个不小的数目，皆从琼州千里迢迢的调运已经不现实，尤其是到了信风季更难以保证按时调运，长久如此定会贻误战机，因此建立后期基地的事情已是刻不容缓。他又下旨给周翔命他将火药工坊和枪弹工坊一分为二，随着下批辎重一起前来绍兴建立新工坊，为将到来的大战做准备。
赵昺本来就对政务的繁琐头疼，如今这些事情又都压在他和三个老头儿身上，实在是让他不胜其烦，而一切又不能不操心，可应节严和刘黻在琼州留守，文天祥在江西。眼前只有飘在海上一个来月的陆秀夫领着的随扈班子最近，可做的工作等于两人掉了个儿，不擅长军事的其在指挥夺取建康歼灭真定军，自己却干起了后勤部长的活儿，别提多别扭了。
有了这个心思，又有了‘替罪羊’，当下双方正处于大战前的调整阶段，赵昺便趁这个空档下旨召陆秀夫率随扈的众臣前来绍兴议事，并调禁军第五师前来协防。马廷鸾等人本来也是忙得脚不沾地，当前又缺少人手，而战事也到了关键时刻，理应召开集议商议下一步的计划，于是也未加反对，更没窥破小皇帝的心思……
九月初十接到小皇帝的诏令后，陆秀夫和张世杰率领一众随扈大臣及第五师乘船来到绍兴，大军驻于城外，陆秀夫等人换船入城前来参见陛下，马廷鸾率人将他们迎入府衙中。赵昺已经在二堂相候，众臣参见后，又寒暄几句后，林之武介绍了歼灭敌上都新军、益都军及逼降颍州军的情况，马廷鸾说了说绍兴府的事情，赵昺又把自己获知的最新国内外事件做了通报。